Zásadním tokem je řeka Morava, se svými rameny. Morava protéká v těsné blízkosti severního okraje obce. Mlýnský potok (Malá Voda) a Svodnice jsou ramena Moravy lemující severní okraj obce. Na území obce lze dále najít meliorační toky Roudník a Kobylník. Místní částí Mezice a obcí Náklo protéká další významnější tok a to tok Cholinka, který je pravostranným přítokem Moravy. Roudník a Kobylník jsou levostrannými přítoky Cholinky. Jižním cípem zájmového území protéká zemědělskými pozemky tok Dubčanka (Vojnická stružka).
Morava (IDVT 10100003)
Řeka Morava pramení pod vrcholem Králického Sněžníku na území obce Dolní Morava v nadmořské výšce 1380 m. Až po soutok s Desnou teče úzkým údolím, pak se rozevírá. U Olomouce přibírá Moravskou Sázavu, dále přichází první meandrující úsek Litovelské Pomoraví. Dále protéká krajským městem Olomouc. Pod Olomoucí přijímá svůj největší levostranný přítok Bečvu, které odvádí vody z jižní části Moravskoslezských Beskyd. Pokračuje na jih, protéká moravským Slováckem a následuje druhý meandrující úsek mezi Bzencem-Přívozem a Rohatcem (Moravská Sahara). U Rohatce začíná tvořit společnou česko-slovenskou státní hranici, na území města Lanžhot přibírá Dyji, opouští Českou republiku a tvoří hranici mezi Slovenskem a Rakouskem. Vlévá se do Dunaje. Délka toku na území ČR činí 284 km, celého toku pak 383 km. Velikost povodí má rozlohu 26 658 km2 (20 692,4 km2 na území ČR). Tok se nenachází ve správním území obce je však zásadní z hlediska povodňového ohrožení. Tok je ve správě Povodí Moravy, s.p.
Úsek Moravy na zájmové území se nachází ve vymezení oblasti s významným povodňovým rizikem Tážaly – Litovel, ID úseku MOV_04-01. Tok Moravy v zájmovém území má stanoveno záplavové území.
Mlýnský potok (Malá voda, IDVT 10100443) a Svodnice (IDVT 10194985)
Na řeku Moravu v rámci k.ú. obce Náklo navazují ramena Mlýnský potok a Svodnice.
Mlýnský potok plnil historicky funkci vyplývající z jeho názvu a jako takový nyní dodává vodu MVO ve Lhotě nad Moravou. Jeho tok je regulován stavidly přímo v MVO a ve směru vzdutí vodní hladiny ještě bočním jezem umístěným na odbočném toku Svodnice. Jez zajišťuje v případě většího nátoku do MVE odklonění přebytečné vody do toku Svodnice. Celý systém regulace toku je za běžných podmínek funkční. Při mimořádných zvětšeních průtoku hlavního ramene řeky Moravy ale dochází ke zvýšení hladiny a případným rozlivům i na těchto navazujících ramenech. Vznik těchto situací pak přímo ohrožuje občany Lhoty nad Moravou. K rozlivům aktivně přispívá výstavbou hrází i činnost Bobra Evropského, který je v těchto lokalitách hojně rozšířen.
Kobylník (meliorační tok, 10203770)
Tok přitéká ze sousedních Unčovic a jeho historickým posláním bylo především plnit funkci melioračního toku, tzn. odvádět přebytečnou vodu z okolních polností. Při rozšiřování těžby štěrkopísků byl kolem roku 2009 přerušen jezerem Nákelské pískovny, z níž je v současné době dotován. Z důvodu trvalé vodoteče se tento tok stal útočištěm Bobra Evropského, který trvalý průtok narušuje aktivní výstavbou hrází.
Roudník (meliorační tok, 10190713)
Meliorační tok bez většího povodňového významu, jehož úkolem je především odvádění přebytečných vod z okolních polností. Jeho tok je také přímo napojen na jezero pískovny, nicméně jeho přítok je velmi slabý a nevýznamný. I v rámci tohoto toku je patrná činnost Bora Evropského.
Cholinka (10100319)
K. ú. obce Náklo dále protíná potok Cholinka, který protéká návsí místní částí obce Mezice a pokračuje dále do spodní části Nákla a dále pak směrem na Příkazy. Tento tok je po většinu roku vyschlý, pouze při větších přívalových srážkách či jarním tání je jeho koryto zavodněno. V případě mimořádných zvratů počasí zejména v jarních měsících, dokáží vydatné deště společně s tajícím sněhem zaplnit koryto Cholinky až po horní hranu břehové linie. K významnému rozlivu v minulosti nedošlo.
Dubčanka (Vojnická stružka, 15000744)
Tok pramení 1,3 km západně od Odrlic. Na území katastru obce protéká zemědělskými pozemky a nepředstavuje žádné významné povodňové ohrožení. Dubčanka je levostranným přítokem toku Blata mezi obcemi Těšetice a Vojnice.
Z hlediska povodňového ohrožení obce jsou významnými toky Morava a její ramena.